原因是：在mysql存放数据的目录下面有一个文件master.info，mysql服务器认为 master.info比my.cnf优先级要高，第一次启动slave，master.info不存在，从my.cnf读取选项值，保存到master.info，以后再启动slave，会直接从master.info读取配置信息。
也就是说，在master.info已经存在的情况下，在my.cnf中修改复制的配置，不起作用，其它的配置项还是会起作用。
通过命令行操作，也是直接保存到master.info。
解决办法：
每次启动mysql都从删除master.info，强制去读取my.cnf中复制的配置，避免维护两份配置文件。
注：
1、master.info放在mysql的数据库目录，如何查看数据库目录？show variables like ‘%dir%‘，找到datadir
2、高版本的mysql，已经没有了master.info文件，也就是说，每次都从my.cnf读取数据。
原文：http://www.cnblogs.com/nzbbody/p/4457684.html