找到 .setting文件夹内的org.eclipse.wst.common.project.facet.core.xml文件，文件格式大致如下：
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<faceted-project>
<runtime name="Apache Tomcat v5.5"/>
<fixed facet="jst.web"/>
<fixed facet="jst.java"/>
<installed facet="jst.java" version="5.0"/>
<installed facet="jst.web" version="2.3"/>
<installed facet="wst.jsdt.web" version="1.0"/>
</faceted-project>
直接手动修改jst.web对应的version即可(2.3 ->2.5)。最后重启tomcatX就可以正常使用了。
如果eclipse的图标中还报错（打红叉），如果项目是Eclipse项目，则可以右击eclipse，选中Maven-》Update Maven Project，这样就可以成功的讲jst.web的修改应用到eclipse中了。如果不是Maven的Project，则可以关掉改Project，重新打开，这样也可以将Project的变化重新应用到eclipse中
Cannot change version of project facet Dynamic Web
原文：http://my.oschina.net/mengmin/blog/399399