以前用MyEclipse开发 配合tomcat很好管理发布，但现在用Eclipse 开发，稍微配置复杂点，首先设置每次发布目录不到本地的Servers目录，可以网上查资料很多的，大概步骤就是新建debug on server ,不选择项目 ，编辑Server，在Server Locations里 选择第二个，这样Server Path会自动定位到tomcat安装目录，Deploy path输入webapps，点击保存即可。
到现在为止，tomcat配置算是正常可以运行，但是每次发布都会发现tomcat的conf文件里的server.xml会被自动更新掉, 原来Tomcat服务器在Eclipse中启动时，会自动发布Eclipse中部署的项目，但是我的项目是自己手动在外面部署的，Eclipse只认得在它里面部署的项目，因此它会创建一个新的server.xml文件覆盖原来的文件，里面只有Eclipse中部署的项目，既然如此，我们只要取消掉自动发布功能即可。
解决方案如下：
依次选择 Window-Preferences-Server-Launching,取消Automatically publish wen starting servers，点击OK，搞定。
原文：http://www.cnblogs.com/xiaofeilee/p/4087552.html