1、在使用gatk 构建 索引文件过程中报错如下:

2、查看java
java
java --version
echo $JAVA_HOME
rpm -qa|grep jdk


发现没有安装java。
3、下载安装java
下载地址 https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jdk15-downloads.html,选择对应版本


4、给与权限
chmod 777 jdk-15_linux-x64_bin.rpm

5、安装
rpm -ivh jdk-15_linux-x64_bin.rpm

6、验证是否能用
java
java --version
echo $JAVA_HOME
rpm -qa|grep jdk




貌似已经可以使用。
7、使用gatk构建索引

可以正常使用了。
原文:https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/13704679.html