3D-DNA是一款简单，方便的处理Hi-C软件，可将contig提升到染色体水平。其githup网址：https://github.com/theaidenlab/3d-dna
LastZ (version 1.03.73 released 20150708) – for diploid mode onlyBash >=4GNU Awk >=4.0.2GNU coreutils sort >=8.11Python >=2.7 - for chromosome number-aware splitter module onlyscipy numpy matplotlib - for chromosome number-aware splitter module only1 ## 安装juice 2 git clone https://github.com/theaidenlab/juicer.git 3 cd juicer 4 ln -s CPU scripts 5 cd scripts/common 6 wget https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar 7 ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar juicer_tools.jar 8 9 ## 安装3D-DNA 10 git clone https://github.com/theaidenlab/3d-dna.git
数据准备：
++++++++++++++++++++++++正式开始+++++++++++++++++++++++++++++
bwa index draft.genome.fa
1 python ~/software/juicer/misc/generate_site_positions.py HindIII draft.genome draft.genome.fa 2 3 # 本次使用的是 HindIII 进行酶切；选择自己所有的酶
1 awk ‘BEGIN{OFS="\t"}{print $1, $NF}‘ draft.genome_HindIII.txt > draft.genome.chrom.sizes
注意：必须在当前目录存在fastq和ref文件夹， -z,-p,-y必须参数
1 ~/software/juicer/scripts/juicer.sh -g draft_genome -s HindIII -z ./ref/draft.genome.fa -y ./ref/draft.genome_HindIII.txt -p ./ref/draft.genome.chrom.sizes -t 8 2 3 4 5 ## 参数 6 -g： 定义一个物种名 7 -s：酶切类型, HindIII(AAGCTAGCTT), MboI(GATCGATC) , DpnII(GATCGATC), NcoI(CCATGCATGG) 8 -z : 参考基因组文件 9 -y: 限制性酶切位点可能出现位置文件 10 -p: 染色体大小文件 11 -C: 将原来的文件进行拆分，必须是4的倍数，默认是90000000, 即22.5M reads 12 -S: 和任务重运行有关，从中途的某一步开始,"merge", "dedup", "final", "postproc" 或 "early" 13 -d: juicer的目录 14 -D: juicer scripts的目录 15 -t: 线程数
结果：结果文件在aligned目录下，其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。
使用默认参数进行3D-DNA
1 ~/software/3d-dna/run-asm-pipeline.sh ./ref/draft.genome.fa ./aligned/merged_nodups.txt
最后输出文件中，包含FINAL就是我们需要的结果。
首先下载该软件：https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Download
一般组装错误为：
关于该软件用法，可看该视频：https://www.bilibili.com/video/av65134634
纠错完以后，会得到genome.review.assembly用于下一步的分析
1 ~/software/3d-dna/run-asm-pipeline-post-review.sh -r genome.review.assembly ./ref/draft.genome.fa aligned/merged_nodups.txt
欢迎大家讨论交流，若有问题，可添加一下公众号，后台留言即可
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原文：https://www.cnblogs.com/zhanmaomao/p/12763021.html