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limma, edgeR, deseq2,genefilter计算差异R包的foldchange方法差别

时间:2020-04-11 01:05:30      阅读:245      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

 

 差异计算对应生信分析非常重要

 limma,genefilter 包计算差异,数据一定要转log, 因为 这两个包计算差异使用的方法是  mean(As)-mean(Bs)   , 也计算是  logAmean-logBmean = log(Amean/Bmean) 

     这也是为什么这两个包算出来的结果直接是logfoldchange .

 deseq2 包计算差异使用的是raw readscount,整数数据类型,计算差异的方法为 log(mean(As)/mean(Bs)), 是常规理解的平均值的比值. 

 

limma, edgeR, deseq2,genefilter计算差异R包的foldchange方法差别

原文:https://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/12677132.html

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