Samtools

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。

faidx: 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。

对基因组文件建立索引
$ samtools faidx genome.fasta

生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件，分成了5列。
第一列是子序列的名称；
第二列是子序列的长度；

最后的数字是genome.fasta文件的大小；第4和5列不知是啥意思。

通过此文件，可以定位子序列在fasta文件在磁盘上的存放位置，直接快速调出子序列。

由于有索引文件，可以使用以下命令很快从基因组中提取到fasta格式的子序列
$ samtools faidx genome.fasta scffold_10 > scaffold_10.fasta

参考来源：

http://www.chenlianfu.com/?p=1399

Samtools

原文：https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/11647144.html