1.力场中的例子电荷是有效电荷（clayff），有别于化学式中的电荷。
2.游离状态的阳离子（如层间阳离子）的电荷不能变动；而Al-O八面体、Si-O四面体中的离子（Al、Si等）电荷可以微调。
3.minimize是在0摄氏度、动能为0的条件下进行结构优化（分子静力学），只对从数据库中得来的模型进行minimize，加水后的模型不需要优化。
先对最小超晶胞（如Na-mmt的超小晶胞为4a*b*c）进行minimize，然后再进行下一步建模（如加水分子或者继续supercell），最后在进行优化并计算。
优化：
nve：保持能量不变；
nvt：提到常温来优化（298或者300k）；
npt：提到常压来优化（1个标准打气眼）。
4.警告可以忽略，错误需要修改（待确认，如模型总电荷）；
5.元胞盒子大小从数据库中得到的a、b及角度不需要修改，可以改c（层间距）。
6.能量最小化minimize如何判断最小化成功？
7.优化过程中，timestep、run总步数，这个没有很严格的规定，看能量收敛和结构稳定与否来判断即可。
8.MS——data——lammps中minimize后所得的data——VMD——pdb——MS（主要是坐标信息），问题是不能够识别各个原子？
9.模型的总电荷一定要为0，影响很大。
原文：https://www.cnblogs.com/sysu/p/11054937.html