估计同义突变和非同义替代发生的速率，比估计核苷酸替代数目要复杂的多。估算dS和dN,有很多种方法，归纳为三类：1、进化通经法；2、基于Kimura双参估计法；3、密码子替代模型的最大似然法
考虑2个DNA序列间每对同源密码子的所有可能进化通经，由此提出一种估算dS和dN的方法。该方法较为复杂，因为每估算一个核苷酸替代都要对该替代发生的可能性进行加权，同时还考虑编码氨基酸的相似性。而Nei,经过计算机模拟认为不需要进行加权就可获得相同的结果。
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