比如：有两个版本的tomcat，一个5.*,一个6.*，此时由于两个工程分别部署在两个
版本的tomcat下，需要同时启动两个tomcat，以下是方法：
1.特别要注意：不要设置CATALINA_HOME
2.分别修改安装目录下的conf子目录中的server.xml文件：
a.修改http访问端口（默认为8080端口，我习惯在安装的时候就改成别的端口号，比如5.*改成8081，6.*改成8086），将8080修改为tomcat不在使用的端口号。此处所设的端口号即是以后访问web时所用的端口号。
b.修改其中一个tomcat的Shutdown端口（在server.xml中，默认为8005端口），将8005修改为没有在使用的端口号，例如8055。
c.修改其中一个tomcat的8009端口，将8009修改为没有在使用的端口号，（也在server.xml中修改）例如8099
（注意：两个文件中对应的端口号要不一样）
3.依次启动两个tomcat。
可以都在eclipse中启动（比如我的tomcat5.0是插件版本的，在eclipse有一个猫，而另一个6.0版本的是通过myeclipse在windows--perfrences--...配置），也可以通过对应的startup.bat启动，还可以一个用elipse启动，另一个通过startup.bat启动。
原文：http://www.cnblogs.com/kyxyes/p/3545610.html