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KEGG下载某物种最新的版本信息(斑马鱼为例)

时间:2018-09-12 19:30:10      阅读:284      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

步骤一:打开链接并选择物种

http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?hsa00001+3101

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步骤二:对文件进行解析

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步骤三:统计信息

一级结构(6大类):

grep ^A dre00001.keg |les

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二级结构(下面三种方法都行,54小类):

grep ^B dre00001.keg |awk ‘$0 != "B" {print}‘ |les
grep ^B dre00001.keg |grep -v ‘B$‘ |les
grep ^B dre00001.keg |sort -u |sed ‘1d‘ |les

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三级结构(515 信号通路):

grep ^C dre00001.keg |les

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四级结构(27101个基因):

grep ^D dre00001.keg  |wc -l 

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KEGG下载某物种最新的版本信息(斑马鱼为例)

原文:https://www.cnblogs.com/djx571/p/9636399.html

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