如果需要保存phasing状态，则要用到plink1.9版本中的参数“--keep-allele-order”，在命令行中加上这个参数即可。
参考链接：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/data#ax_allele
将phasing的vcf文件转化为plink格式时保持phasing状态
原文：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/9279980.html
