If you are worried about leaving out covariates you could regress out them first and analyse the residuals against the Snps.
在实验设计中，协变量是独立变量，实验者不能操纵，但仍影响实验结果。
我想知道温度对于降水量的影响，但是海拔高度、经纬度、当地湿度等变量也会影响降水量。那么，在我的研究中，温度就是自变量，降水量是应变量，而海拔高度、经纬度和当地湿度就是协变量。
Analysis of Covariance (ANCOVA) easily explained
协方差分析 | ANCOVA (Analysis of Covariance)
原文：https://www.cnblogs.com/leezx/p/9013504.html