以下链接给出了解决方案：https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-gatk-run
下面详细说明怎么解决这个问题。
首先需要下载htsjdk软件，下载地址：
http://central.maven.org/maven2/com/github/samtools/htsjdk/1.133/htsjdk-1.133.jar
在Linux上，可以输入以下命令下载该包：
wget http://central.maven.org/maven2/com/github/samtools/htsjdk/1.133/htsjdk-1.133.jar
下载完以后，输入以下命令行：
java -cp /path/to/your/htsjdk-1.133.jar htsjdk.samtools.FixBAMFile source.bam fixed.bam
其中，source.bam指的是你的原bam文件，fixed.bam指的是修复该错误后，重新生成的bam文件。生成新的bam文件后，再跑之前的命令就不会报错了。
原文：http://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7755370.html