read：测序时，产生的较短的原始序列叫read
contigs：有多个reads通过片段的重叠，组装成一个更大的read，称为contigs
scaffold：多个contigs通过片段的重叠拼接成更长的scaffold；
从上面的解释来看，可以发现这些命名应该比价常出现在de novo拼接当中。
一个contigs组装之后，鉴定发现是编码蛋白的基因，就叫做singleton
scaffold，经鉴定发现它是编码蛋白的基因，就叫做unigene
高通量测序中，reads、contigs、scaffold之间的联系
原文：http://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7501436.html