samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件， 能够快速的提取任意区域的序列
用法：
samtools faidx input.fa
该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外， 其他行的长度必须相同,
>one
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT
GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
ATGCAT
>two another chromosome
ATGCATGCATGCAT
GCATGCATGCATGC
最后生成的.fai文件如下， 共5列，\t分隔；
one 66 5 30 31
two 28 98 14 15
第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；
第二列 LENGTH: 序列的长度， 单位为bp；
第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量， 从0开始计数，换行符也统计进行；
第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的碱基数， 单位为bp；
第五列 LINEWIDTH : 行宽， 除了最后一行外， 其他代表序列的行的长度， 包括换行符， 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2；
提取序列：
samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa
samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa
PS:
引用：http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5200655.html
bwa index 产生的是:
/*/Public_dir/Database/Human/Hg19_ref/bwaIndex/下的hg19.fasta.amb、hg19.fasta.ann、hg19.fasta.bwt、hg19.fasta.pac、hg19.fasta.sa四个文件.作用是为后续比对做准备。
区别samtools faid产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能
原文：http://www.cnblogs.com/Formulate0303/p/7446962.html