选中要删除的子目录 右键删除，删除之后，
该子模块消失。
然后查看 .gitmodules 发现删除了里面的
[submodule "IphoneApp/submodules/ProjectName"]
path = IphoneApp/submodules/ProjectName
url = git@git.wangzhi.net:dizhi/ProjectName.git
同时 项目中的 例如 IphoneApp/submodules/ProjectName中的Subproject commit *******************一串地址ID 被删除
2、其次删除配置文件 config中的子目录链接地址，删除如下链接地址
[submodule "IphoneApp/submodules/ProjectName"]
url = git@git.wangzhi.net:dizhi/ProjectName.git
3、到项目中把实际的子模块代码删掉，入把子模块中ProjectName的代码删掉，OK
IOS 删除git中的submodules 以sourceTree为例
原文：http://www.cnblogs.com/zhaosuning/p/7060185.html