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linux-ubuntu下fastQC的安装

时间:2017-05-24 19:02:59      阅读:2250      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:nbsp   ati   linux下   for   linu   projects   java环境   pro   权限   

1.fastqc是在Java环境下运行的;所以在安装fastqc之前,Linux下要有相应的Java运行环境(JRE).且java的版本应该在1.8.0版以上

2.java的安装:下载最新版本的Java,注意要下载带有JRE的版本。

3.解压:tar -zxvf java.tar.gz

4.cd java-1.8.0

5.进入java-1.8.0的目录,可以看到里面有一个叫jre的文件夹,jre里面有bin和lib子文件夹,将此二者的路径添加到.bashrc环境变量文件当中。就可以在任何路径下运行jre环境啦。

6.在下列网站上下载对应的fastqc压缩包:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

7.解压缩:unzip fastqc.zip

8.解压缩后生成了一个名为:fastqc的文件

9.cd FastQC 进入fastqc文件,可以看到里面有一个fastqc执行文件,

10.chmod 755 fastqc(更改fastqc的权限设置)

11.    ./fastqc即可运行fastqc程序。如想要在任何目录下运行fastqc程序,则需将fastqc程序的路径添加至环境变量.bashrc中即可。

linux-ubuntu下fastQC的安装

标签:nbsp   ati   linux下   for   linu   projects   java环境   pro   权限   

原文:http://www.cnblogs.com/lmt921108/p/6900416.html

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