KEGG, 简称京都基因组百科全书，包含了许多的数据库，对于研究基因功能来说，KEGG orthology 数据库是最基本的一个数据库；
KEGG Orthology 简称KO, 对于每个功能已知的基因，会把何其同源的基因所有基因都归为一类，就是每一个KO, 并赋予一个K number, 用该基因的功能作为这个KO的功能；
基于同源基因具有相似功能的假设，把每个基因的功能进行了扩充，对于某个物种中功能研究的很清楚的基因，在不同的物种间搜寻该基因的同源基因，将这些同源基因定义为一个orthology, 用该基因的功能作为该orthology 的功能；这样就将对于不同物种基因功能的研究都利用起来，提供了一个全面的研究基因功能的数据库
举一个例子，对于 K00161 这个K number 来说，对应的同源基因的列表可以从KEGG的官网查询得到
打开这个链接 http://www.genome.jp/kegg/ko.html ， 在查询的文本框中输入K number, 如下图所示：
点击Orthology table 按钮，跳转到下面的链接
http://www.kegg.jp/kegg-bin/view_ortholog_table?orthology=K00161
在该链接中，可以看到这个KO下对应的所有同源基因
从下拉列表中，可以查询对应分类的同源基因，如之显示动物中的同源基因；
对于已知的基因，可以直接在数据库中检索得到对应的功能，那么对于新发现的基因，如何利用KO数据库来研究其功能呢？
根据同源基因的定义，序列相似度在80%以上的就定义为同源基因，同样的，对于功能未知的基因，只需要根据序列比对查找对应的功能已知的同源基因就可以了
但是现在没法免费下载得到KEGG Gene对应的序列了，好在KEGG官网提供了一个在线的工具，BlastKOALA
这个工具基于blast 比对，将输入的基因序列和KEGG Gene 数据库中的序列去比对，查找最佳匹配的一个gene, 将该基因对应的K number 赋予查询的基因
地址如下：http://www.kegg.jp/blastkoala/
首先在文本框中输入带查询的基因的序列
第二步设置对应的物种信息，减少查询的物种范围
第三步根据选择用于检索的基因集数据库
最后输入邮箱地址，提交任务就可以了
首先会给你的邮箱发一封邮件，你必须点击这个邮件中的链接才能开始工作，当结束后，会再发一封邮件给你；
KO 数据库只是研究基因功能的一个基础数据库，KEGG中还包含其他的基于基因功能构建的数据库，如Pathway， Brite, Module 数据库等，只有对KO数据库有一个清晰的认识，才能够去理解这些数据库。
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原文：http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6605752.html