1.illumina测序原理
由于现在手头所分析的RNA-seq要用到的数据全部是来自与Illumia测序，所以决定先看看Illumina的测序原理。
决定先看youtube上的陈巍学基因。
https://www.youtube.com/watch?v=VvS8NEJGxnM
其中的一些注意点：
1）adapter是接头，分为pcr扩增接头和测序接头，分别用于文库构建和测序的引物。
index是索引序列，为区分不同样本而构建。高通量测序一次一块板要加好多样品，如果你的样品少那单独测你的测序公司就亏了，因此把你的和别人的样品放到一起，分别加个index用以区分，测序结束后就可以根据index来分离单个样本了
2）双端测序，应该是先从第一链的接头那里开始测，测完后，从第二链的接头那里开始测，并非是在一条链上两端测序
原文：http://www.cnblogs.com/psycho-bio-sgd/p/6508619.html