/etc/init.d 是 /etc/rc.d/init.d 的软链接(soft link)。
[root@asus ~]# ll /etc/init.d
lrwxrwxrwx. 1 root root 11 8月 28 05:12 /etc/init.d -> rc.d/init.d
都是用来放服务脚本的，当Linux启动时，会寻找这些目录中的服务脚本，并根据脚本的run level确定不同的启动级别。
在制作服务脚本的过程中，使用了Linux的两个版本，CentOS和Ubuntu，需要在两个版本中都可以开机启动服务。但Ubuntu没有 /etc/rc.d/init.d这个目录，所以，为了保持同一种服务在CentOS和Ubuntu使用的统一性，将服务脚本（注：服务脚本在两个不同版本中是不同的）都放在 /etc/init.d 目录下，最终达到的效果是相同的。
需要说明的是：在CentOS和Ubuntu两个版本中，除了服务脚本放置的目录是相同的，服务脚本的编写及服务配置都是不同的。比如CentOS使用Chkconfig进行配置，而Ubuntu使用sysv-rc-conf进行配置。
/etc/init.d里的shell脚本能够响应start，stop，restart，reload命令来管理某个具体的应用。比如经常看到的命令： /etc/init.d/networking start 这些脚本也可被其他trigger直接激活执行，这些trigger被软连接在/etc/rcN.d/中。
原文：http://www.cnblogs.com/-simon/p/5887562.html