多种原因：
http://www.jb51.net/article/23781.htm
最常见是数据过大，
注意优化sql语句，避免过大
另外更改可接受缓存量
在my.cnf文件中添加或者修改以下变量：
max_allowed_packet = 10M(也可以设置自己需要的大小)
max_allowed_packet 参数的作用是，用来控制其通信缓冲区的最大长度。
my.cnf位置: 我的centos 6有两个，/etc/my.cnf .../mysql/my.cnf
另外：vps更改后一段时间才起效
http://stackoverflow.com/questions/7942154/mysql-error-2006-mysql-server-has-gone-away
MySQL server has gone away 问题的解决方法
原文：http://www.cnblogs.com/mitang/p/5540478.html