横坐标代表每个每个碱基的位置，反映了读长信息，比如测序的读长为150bp,横坐标就是1到150；
纵坐标代表碱基质量值，
图中的箱线图代表在每个位置上所有碱基的质量值分布，
中间的红线代表的是中位数
用黄色填充的区域的上下两端分别代表上四分位数和下四分位数；
箱线图最上方的短线代表90%，最下方的短线代表10%
蓝色的线代表平均值
背景色从上到在下依次为green, orange, red; 分别代表very good, reasonable, poor;将碱基质量分成3个不同的标准
当有一个位置的10%四分位数小于10或者中位数小于25时会给出警告；
当有一个位置的10%四分位数小于5或者中位数小于20时会提示失败；
如下图所示：
从上面图中我们可以看出读长为75bp;前15bp左右测序质量非常好；
随着测序的进行，由于试剂的消耗等原因，测序质量开始逐渐降低，最后的60-75bp质量就非常的差；
原文：http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5357984.html