今天运行tophat2的时候看到下面这条记录：
[2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file
Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa
[2016-02-27 11:40:03] Reconstituting reference FASTA file from Bowtie index
Executing: /home/pub/software/bowtie2/bowtie2-inspect /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa > /home/xudl/mrna/15B1230A/data_analysis/map/tophat2/CASE2/tmp/hg19.fa.fa
tophat2 在指定的bowtie2的索引目录下没有找到对应的名称为bowtie2_index.fa 的参考基因组文件，第一步首先根据
bowtie2索引构建参考基因组的fasta序列，用到bowtie2中的 bowtie2-inspect 程序
该程序的用法如下：
bowtie2-inspect bowtie2-inedx > ref.fa
之前一直用bowtie2做比对，没想到还有这么一个功能。
bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列
原文：http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5234330.html