以版本phpMyAdmin-2.6.1.tar.gz为例 
先解压phpMyAdmin-2.6.1.tar.gz到/usr/local/apache2/htdocs, 
得到文件夹phpMyAdmin-2.6.1,将其重命名为phpmyadmin,(这样在以后的操作中将会变的简便)。 
进入到phpmyadmin文件夹,用vim命令打开config.inc.php。 
即#vim config.inc.php. 
加密只需要修改两个部分: 
1、 找到 $cfg[‘Servers‘][$i][‘auth_type‘] = ‘config‘;(第83行),将config改为http。 
如我的是:$cfg[‘Servers‘][$i][‘auth_type‘] = ‘http‘; 
2、 紧接着两行填上数据库的用户名和密码即可 
如我的是:$cfg[‘Servers‘][$i][‘user‘] = ‘root‘; 
$cfg[‘Servers‘][$i][‘password‘] = ‘123456‘; 
Phpmyadmin中MySQL加密就完成了! 
***************************************************** 
Phpmyadmin配置过程中还有一处需要修改的: 
找到$cfg[‘PmaAbsoluteUri‘] = ‘‘;(39行) 
在后面填上你的服务器的phpmyadmin的绝对地址即可 
如我的是: 
$cfg[‘PmaAbsoluteUri‘] = ‘http://10.10.19.167/phpmyadmin‘; 
这样phpmyadmin配置完成,简单吧!(注:不同的版本可能会不同)phpmyadmin MySQL 加密配置方法
原文:http://www.jb51.net/article/18960.htm