按照官方的文档（https://github.com/supermarin/Alcatraz），先卸载再重新安装即可。步骤如下：
1. 退出Xcode
2.
rm -rf ~/Library/Application\ Support/Developer/Shared/Xcode/Plug-ins/Alcatraz.xcplugin
rm -rf ~/Library/Application\ Support/Alcatraz/
curl -fsSL https://raw.github.com/supermarin/Alcatraz/master/Scripts/install.sh | sh
3. 重新打开XCode，即可看到Window下的包管理器又回来了。
XCode 7.1 安装 Alcatraz包管理器失败的处理
原文：http://www.cnblogs.com/OIMM/p/5141284.html