myisam 存储数据有三个文件.MYD,.MYI ,.FRM 数据文件和索引文件分开存储
innodb存储数据有.FRM存放表定义，.ibd(独享表空间)，.ibdata(共享表空间).innodb存储数据分独立表空间和共享表空间(具体使用哪个由innodb_file_per_table变量确定)，独享表空间存储方式使用“.ibd”文件来存放数据，且每个表一个“.ibd”文件，文件存放在和MyISAM 数据相同的位置，由datadir确定。如果选用共享存储表空间来存放数据，则会使用ibdata 文件来存放，所有表共同使用一个（或者多个，可自行配置）ibdata 文件。ibdata 文件可以通过innodb_data_home_dir 和innodb_data_file_path
两个参数共同配置组成， innodb_data_home_dir 配置数据存放的总目录。
注意：
虽然我们可以自行设定使用共享表空间还是独享表空间来存放我们的表，但是共享表空间都是必须存在的，因为Innodb 的undo 信息和其他一些元数据信息都是存放在共享表空间里面。
原文：http://www.jb51.net/article/38922.htm