1. 当从命令行执行PHP binary时，cli/php.ini会被使用，你可以通过在命令行运行php --ini来查看。
2. 当PHP运行做为FPM时，会使用fpm/phh.ini，其中一种情况就是伴随着nginx的服务，你可以通过在webserver中php页面添加phpinfo()方法来认证。
3. 这两种php.ini会频繁使用，分开最主要的优点是：在不同的情况下，会有不同的配置文件，
例如：由webserver使用的php.ini文件，会配置比较短的max_execution_time，而在命令行中的php.ini文件，会配置比较长的max_execution_time。
原文：http://www.cnblogs.com/yandufeng/p/5035902.html