今天在升级xcode后真机调试偶然发现这个问题，查了一些资料发现还是不能完全解决
解决方法:参考的(http://blog.csdn.net/alincexiaohao/article/details/37498279)
1、位于/Users/你电脑名/Library/Developer/Xcode/DerivedData 下的缓存文件占很大的缓存空间，如果长时间不删除xcode下的缓存文件，就会导致硬盘空间越来越小直到Directory not empty。删除了缓存文件再运行就不会再报错。
删除DerivedData: 打开看了终端输入 sudo chmod -R 777 /Users/xxx/Library/Developer/Xcode/DerivedData 或 直接进到目录删除
2、按照一的步骤发现还是有问题，总共2个错误问题,1只解决了一个。后来自己删掉了手机上的app，再command +R这个错误就解决了。
/Users/XX/Library/Developer/Xcode/DerivedData/XX.app/xxsdk.bundle Directory not empty
原文：http://www.cnblogs.com/cmrcj/p/4930890.html